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miRNA数据分析专题

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miRNA是一类长度在18到36bp的非编码RNA, 其功能属于转后后修饰调控,主要通过和mRNA的3’UTR区进行结合,结合区域称之为`seed`,当结合区域的序列完全配对时,诱导mRNA降解, 当只有部分序列配对时,抑制mRNA的翻译,从而发挥一个负调控的机制,本文整理了miRNA相关的资料。


首先是miRNA简介和先关的数据库


  • ​​microRNA简介​​
  • ​​miRNA命名规范​​
  • ​​mirbase数据库简介​​
  • ​​Rfam数据库简介​​
  • ​​RNAcentral:非编码RNA数据库​​


miRNA研究的核心内容是定量,差异和靶基因调控。定量包括了已知miRNA定量和预测新的miRNA


  • ​​已知miRNA定量原理揭秘​​
  • ​​RNA二级结构表示法:Dot-Bracket notation​​
  • ​​RNAfold预测RNA的二级结构​​
  • ​​mirdeep2识别novel miRNA​​

差异分析和mRNA是一样的,这里不再赘述,miRNA靶基因相关的数据库如下


  • ​​miRTarBase:实验验证的miRNA靶基因数据库​​
  • ​​mirDIP:最全面的人类miRNA靶基因数据库​​
  • ​​miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库​​
  • ​​TargetScan:哺乳动物miRNA靶基因数据库​​
  • ​​miRDB:软件预测的哺乳动物miRNA靶基因数据库​​
  • ​​TarBase:有实验数据支持的miRNA靶基因数据库​​
  • ​​HMDD:miRNA相关疾病数据库​​
  • ​​TransmiR:转录因子和miRNA调控关系数据库​​
  • ​​miRcode:人类miRNA结合图谱数据库​​
  • ​​miRanda和mirSVR:预测miRNA结合位点的工具​​


通过miRNA与mRNA的调控关系,可以对差异miRNA对应的靶标mRNA进行富集分析


  • ​​miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析​​


miRNA的调控机制,使得其参与到很多疾病的发生发展过程中


  • ​​mir2disease:miRNA相关疾病数据库​​
  • ​​MirSNP:miRNA相关SNP位点数据库​​
  • ​​miRCancer:肿瘤相关的miRNA表达谱数据库​​

单纯的miRNA数据分析,内容较少,更多的是作为一种调控机制,研究其与其他RNA分子的互作,比如ceRNA调控机制的研究,综合mRNA, lncRNA, circRNA和miRNA, 来研究其ceRNA调控网络关系。


·end·

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