REDIportal:最大的人类RNA编辑位点数据库

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REDIportal数据库收录了人类A-to-I类型的RNA编辑位点信息，共有4百多万个位点，称得上是最大的RNA编辑位点数据库，该数据库完全免费开放，网址如下

​​http://srv00.recas.ba.infn.it/atlas/index.html​​

这些RNA编辑位点来源于不同部位，不同组织类型的样本，各个组织类型的样本示意如下

从2018年8月开始，该数据库也开始收录来自其他物种的RNA编辑位点信息。通过官网的搜索功能，可以方便的检索数据库，搜索页面如下

目前只支持​​hg19​​的检索，可以根据染色体位置和基因名称进行检索。

通过​​location​​​根据RNA编辑位点所在的重复序列信息限定结果，包括​​Alu​​​, ​​REP​​​, ​​NOREP​​3种。

​​Genic Regoin​​​根据所在基因组区域限定结果，包括​​5'UTR​​​, ​​3'UTR​​​, ​​Exonic​​​, ​​Intronic​​​, ​​Intergenic​​5种区域。

​​AA change​​​根据RNA编辑位点是否造成氨基酸的改变对结果进行限定，包括​​synonymous​​​, ​​Nonsynonymous​​​, ​​Stop Loss​​​,​​Unknown​​​4种；​​Tissue​​​和​​Body Site​​分别根据组织类型和取样部位对结果进行限定。

检索结果示意如下

和其他数据库类似，提供了RNA编辑位点的染色体信息，重复序列注释，基因注释等信息, 除了这些基本信息外，还提供了和其他数据库的link, 第一列的​​U​​​代表UCSC基因组浏览器，​​dbSNP​​​代表NCBI SNP数据库，如果在位点有对应的SNP信息，用绿色表示，如果没有则用红色表示，​​KnownIn​​​代表其他RNA编辑位点数据库的链接，​​R​​​代表RADAR, ​​A​​代表DARNED。

点击每个RNA编辑位点第一列的蓝色箭头，可以查看详细的信息，示意如下

对于多个组织中同时检测到的RNA编辑位点，提供了​​heatmap​​​和​​boxplot​​两种可视化方式，以便探究其组织特异性，上图中为heatmap的展现形式，boxplot的展现形式示意如下

点击右上角的菜单可以导出对应的图片。​​Alternative Annotations​​​提供了​​Refseq​​​和​​UCSC​​两种基因注释信息，示意如下

​​Editing Details​​可以查看该RNA编辑位点对应的样本数，组织类型等信息，示意如下

点击下方的蓝色按钮，可以看到具体的数据集，示意如下

相比RADAR和DAREND数据库，REDIportal数据库不仅收录的数量跟多，而且提供的注释信息也更加的详尽。

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