学习笔记,仅供参考,有错必纠
参考资料:https://satijalab.org/seurat/index.html;
备注:这是我第一次学习的笔记,对此了解更深入之后,会重新整理
Seurat Package
关于Seurat
Seurat 是一个R包,专为单细胞 RNA-seq 数据的QC(Quality control)、分析和探索而设计。Seurat 旨在使用户能够识别和解释来自单细胞转录组测量的异质性来源,并整合不同类型的单细胞数据。
下面展示了几篇Seurat相关论文:
- Integrated analysis of multimodal single-cell data [Seurat V4];
- Comprehensive Integration of Single-Cell Data [Seurat V3];
- Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species [Seurat V2];
- Spatial reconstruction of single-cell gene expression data [Seurat V1];
所有方法都强调清晰、有吸引力和可解释的可视化,并且设计为便于 生物信息(dry lab) 和传统生物(wet lab) 研究人员使用。
Seurat安装
Seurat 包如今已经到了 4.0 版本,R4.0 以上才可以安装。
install.packages("Seurat")
library(Seurat)
安装完成后,我们查看其版本信息。
packageVersion("Seurat")
结果:
‘4.1.1’
他人的学习笔记
我看了一圈,觉得先参考别人的 是不错的选择,这些blog我觉得不错,推荐一下:
- 单细胞测序分析之Seurat(3.0)包学习笔记
- 单细胞转录组分析三大 R 包之 Seurat
- Seurat3 学习笔记