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利用Seurat包入门生物信息学(part1)--关于Seurat

学习笔记,仅供参考,有错必纠
参考资料:https://satijalab.org/seurat/index.html;
备注:这是我第一次学习的笔记,对此了解更深入之后,会重新整理

Seurat Package

关于Seurat

Seurat 是一个R包,专为单细胞 RNA-seq 数据的QC(Quality control)、分析和探索而设计。Seurat 旨在使用户能够识别和解释来自单细胞转录组测量的异质性来源,并整合不同类型的单细胞数据。

下面展示了几篇Seurat相关论文:

  • ​​Integrated analysis of multimodal single-cell data​​ [Seurat V4];
  • ​​Comprehensive Integration of Single-Cell Data​​ [Seurat V3];
  • ​​Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species​​ [Seurat V2];
  • ​​Spatial reconstruction of single-cell gene expression data​​ [Seurat V1];

所有方法都强调清晰、有吸引力和可解释的可视化,并且设计为便于 生物信息(dry lab) 和传统生物(wet lab) 研究人员使用。

Seurat安装

Seurat 包如今已经到了 4.0 版本,R4.0 以上才可以安装。

install.packages("Seurat")
library(Seurat)

安装完成后,我们查看其版本信息。

packageVersion("Seurat")

结果:

‘4.1.1’

他人的学习笔记

我看了一圈,觉得先参考别人的 是不错的选择,这些blog我觉得不错,推荐一下:

  • ​​单细胞测序分析之Seurat(3.0)包学习笔记​​
  • ​​单细胞转录组分析三大 R 包之 Seurat​​
  • ​​Seurat3 学习笔记​​

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