生物信息与R语言(part1)--R包下载来源-CFANZ编程社区

生物信息与R语言(part1)--R包下载来源

学习笔记，仅供参考，有错必究
参考文章：Bioconductor简介

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R包下载来源

CRAN
Bioconductor
GitHub

R包下载来源

生物信息学中，R包主要3种下载来源：CRAN, GitHub, Bioconductor.

CRAN

CRAN为Comprehensive R Archive Network（R综合典藏网）的简称。它除了收藏了R的执行档下载版、源代码和说明文件，也收录了各种用户撰写的软件包。

规范：

install.packages("包名")

示例：

if (!requireNamespace("tidyverse"))
  install.packages("tidyverse")

当遇到网络不佳的情况下，可利用浏览器下载R包的源码，再采用本地安装R包的命令安装：

install.packages("包名", type = "source", repos = NULL)
# type = "source" 表示，采用源码的形式安装
# repos = NULL表示，不联网下载

注意，利用本地下载方式可能导致有些依赖包没有被下载。

Bioconductor

Bioconductor的产生是计算生物学及生物信息学(computational biology and bioinformatics， CBB)发展的产物，其目的是有效降低CBB的门槛. 当前，随着计算生物学的发展，越来越多的数学方法及模型被引入到生物学当中来，另一方面，随着生物技术的发展，实验可以产生前所未有的高通量生物信息。如何方便而准确地使用数据工具来处理海量的生物信息，成为Bioconductor最直接的目的.

生物信息与R语言(part1)--R包下载来源_github

规范：

BiocManger::install()

示例：

在利用BiocManager下载R包之前，需要先下载BiocManager包，用来管理相关R包.

if (!requireNamespace("BiocManager"))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(version = "3.12")

BiocManager::install("Seurat")

GitHub

GitHub是一个面向开源及私有软件项目的托管平台，因为只支持Git作为唯一的版本库格式进行托管，故名GitHub。GitHub种有很多发表文章公布的代码，可供我们调用。

示例：

devtools::install_github("IOBR/IOBR")

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