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可能会用到的R语言包~4

1 webshot


在 ​生信星球​ 公众号看到的推文 ​听说你的桑基图也无法保存?​ 主要功能是可以把html文件保存为 png 或者 pdf 格式


2 pez


系统全面的系统发育R包


3 ggprism


在 ​YuLabSMU​ 公众号看到的推文 ​用ggplot2出GraphPad prism的图​,坐标轴好多可选


4 r3dmol


在 ​YuLabSMU​ 公众号看到的推文 ​在R中对分子结构进行3D可视化


5 epiR


该包集合了流行病学中诸多描述性分析的函数。其中epi.tests函数专门用于计算诊断试验的灵敏度、特异度及预测值等指标。详细介绍可以看链接 ​​https://rpubs.com/maomaoworm/690424​​


6 GGally的ggpairs()函数


展示多变量两两之间相关系数,参考链接 ​​https://rpubs.com/nabiilahardini/wheatseed​​


可能会用到的R语言包~4_数据分析 image.png

7 ggeconodist


可以话另类的箱线图
安装


install.packages("ggeconodist",repos = "https://cinc.rud.is")
library(ggeconodist)
ggplot(df,aes(x=Type,y=value))+
geom_econodist()+
theme_bw()

可能会用到的R语言包~4_r语言_02 image.png

8 ggThemeAssist


通过鼠标点点点的方式更改ggplot2作图的一些细节 主页 ​​https://github.com/calligross/ggthemeassist​​,我个人还是还是不太喜欢这种形式


9 samr


小白鱼的生统笔记推文 ​R包samr,一种鉴定差异表达基因的非参数方法


10 TCseq


分析基因表达的时间趋势 公众号 ​小白鱼的生统笔记​ 推文


11 Mfuzz


分析基因表达的时间趋势 公众号 ​小白鱼的生统笔记​ 推文


12 prettydoc


漂亮的rmarkdown风格,公众号 ​育种数据分析之放飞自我​ 推文 炫酷rmarkdown不同风格


13 DataEditR


类似于excel的功能,对R语言已经读入的数据进行修改 知乎文章 真香!Rstudio也能像Excel一样进行数据整理啦


14 pak


公众号 YuLabSMU 推文 装R包总莫名其妙报错,你应该试试pak


15 ggiraphExtra


有一个很方便绘制饼图的函数


16 genbankr


R语言里读取解析genbank格式文件,叶绿体基因组画圈图的那个工具Chloroplot用到了这个包


17 customLayout


R语言里用来拼图的包,功能很强大 可以参考公众号 推文 ​一个敲有趣的R语言拼图工具​,一下是拼图的一些结果


可能会用到的R语言包~4_数据分析_03 image.png

可能会用到的R语言包~4_公众号_04 image.png

18 vhs


R语言里配色的包 简书 益民长老厂长 的推文 ​R中的艺术调色板之VHS​ ​​https://www.jianshu.com/p/ea6de13887ee​​ ; 基于空白VHS盒式磁带包装设计的调色板(这句话是啥意思?)


19 tastypie


绘制漂亮的饼图的R版 公众号 ​R语言统计与绘图​ 推文 tastypie包,绘制漂亮的饼图R包


可能会用到的R语言包~4_r语言_05 image.png

可能会用到的R语言包~4_r语言_06 image.png

20 lemon


可以很方便的操作ggplot2的图例和坐标轴
参考 ​​​https://cran.r-project.org/web/packages/lemon/vignettes/legends.html#complex-layout-with-grid_arrange_shared_legend​​


21 dtplyr


在一个讨论群里看到有人推荐,dplyr的语法,data.table的速度


22 ezcox


公众号 ​优雅R​ 看到的推文 还在手动绘制生存分析森林图?不妨试试ezcox
很方便的做Cox回归分析模型和森林图


23 ggstream


公众号 DataCharm 看到的推文 河流图绘制技巧分享 之前有人在公众号留言问过鱼型图,但是自己也不知道,不过好像就是这个


24 ggnewscale


github主页 ​​​https://github.com/eliocamp/ggnewscale​​​ 比如两组数据同时画到一张图上,每组数据都分别映射颜色,这个时候如果要用scale_color_manual()更改颜色的话是不能按照不同的数据集来修改的,这个时候可以用这个包中的函数


如下代码

library(ggnewscale)
library(ggplot2)
df1<-data.frame(A=1:4,
B=LETTERS[1:4])
df2<-data.frame(A=4:1,
B=LETTERS[5:8])
ggplot()+
geom_col(data=df1,aes(x=B,y=A,fill=B))+
scale_fill_manual(values = c("red","red","red","red"))+
new_scale_fill()+
geom_col(data=df2,aes(x=B,y=A,fill=B))+
scale_fill_manual(values = rep("blue",4))

结果


可能会用到的R语言包~4_公众号_07 image.png

可以试试把代码​​new_scale_fill()​​去掉

25 ggh4x


公众号 R语言数据分析指南 看到推文 通过ggh4x调整图形刻度


可能会用到的R语言包~4_数据分析_08 图片来自于公众号 R语言数据分析指南

如果只用gplot2的函数把坐标调整成这种效果,还是不太容易的

26 visdat


可视化展示数据框中的变量类型和缺失值
代码


install.packages("visdat")
library(visdat)
library(ggplot2)
msleep
vis_dat(msleep)+
scale_fill_manual(values = c("#1f78b4", "#33a02c", "#e31a1c"))

可能会用到的R语言包~4_r语言_09 image.png

27 gghalves


云雨图


28 ggsignif


添加显著性星号


29 job


生信星球公众号 看到的推文 简单一个R包,解放你的Rstudio console 主要作用,如果命令运行时间过长,是不能运行下一步命令的,这个包里可以将时间比较长的命令放到后台


30 paletteer


功能强大的配色R包 公众号 R语言统计与绘图 最强配色R包,1个包,2100来个调色板


31 report


庄闪闪的R语言手册 report包,祝你自动统计报告


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小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记!


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