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Circos 软件的安装详解

circos 是一款perl 语言开发的画图软件,提供了染色体相关数据的一种可视化方式。其制作的图表精美,被科研工作者广泛使用。

官网如下:

​​http://circos.ca/​​

首先看下安装过程,官网上提供了3种压缩包

  1. 软件源代码压缩包
  2. 使用手册的压缩包
  3. 相关工具的压缩包

软件源代码是我们安装过程中需要用到的,使用手册是官网提供的为了帮助我们学习使用​​circos​​​而开发的包,相关工具是一些​​circos​​的脚手架,也可以称为扩展工具。

在下图中,​​circos-0.69.6.tgz​​​就是源代码的安装包,​​circos-tutotials-9.67.tgz​​​就是使用手册的安装包, ​​circos-tools-0.22.tgz​​就是相关工具的压缩包。

​​http://circos.ca/software/download/​​

Circos 软件的安装详解_官网

安装时,我们只需要使用源代码的安装包就可以了。由于是使用perl 语言开发的,所以不需要编译。只需要下载解压缩即可,具体过程如下:

wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz
tar xzf circos-0.69-6.tgz
cd circos-0.69

解压缩之后就可以了。安装好之后,可以用自带的例子测试一下

cd circos-0.69/example/
../bin/circos -conf etc/circos.conf

运行成功之后,会在当前目录生成​​circos.png​​​和​​circos.svg​​两张图片

Circos 软件的安装详解_压缩包_02

如果上述图片正常生成了,说明​​circos​​安装成功,可以使用了。

如果没有正常生成,说明缺少一些模块。下面命令可以查看依赖的perl 模块是否都安装成功了,缺少哪个模块,安装哪个模块就可以了。

circos -modules
ok       1.38 Carp
ok       0.39 Clone
ok       2.63 Config::General
ok        3.3 Cwd

circos的命令非常简单,只需要提供一个配置文件​​circos.conf​​​就行了,程序会根据配置文件,自动读取数据和相关配置,然后生成图片。学习​​circos​​​的过程,实际上就是理解​​conf​​配置文件中,每项配置的含义和作用。

用于测试的这个配置文件是用于炫技的,充分展示了circcos 的强大,但是并不适用于circos的学习。在官网还很贴心的提供了​​circos-tutotials-9.67.tgz​​包,这个包中提供了大量的配置文件的示例,由浅入深将circos的所有功能进行展示,在学习的过程中,直接看这个包里的内容就可以了。

官网还提供了一个更加详尽的教程,网址如下

​​http://circos.ca/tutorials/lessons​​


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